Si bien en español la correspondencia entre grafía y lenguaje hablado es predecible a partir de la escritura —es decir, un hablante competente es capaz de determinar inequívocamente la pronunciación estimada correcta para casi cualquier texto—, no sucede así a la inversa, dado que existen varias letras que representan gráficamente fonemas idénticos; e incluso hay casos en que la variedad peninsular se diferencia del resto (s, c, z).
Entre las excepciones a la correspondencia entre letras y sonidos se destacan los siguientes fenómenos:
- Poligrafía: distintas representaciones gráficas para un mismo fonema.
- Polifonía: distintos fonemas representados por una misma letra.
En español estos fenómenos se dan en los siguientes casos:
- Poligrafía del fonema /k/: dicho fonema puede representarse de 3 formas distintas (k, c, qu = que, qui).
- Poligrafía del fonema /g/: dicho fonema puede representarse de 2 formas distintas (g, gu = gue, gui).
- Poligrafía del fonema /b/: dicho fonema puede representarse de 3 formas distintas (b, v, [w]).
- Poligrafía del fonema /x/: dicho fonema puede representarse de 2 formas distintas (j, g = ge, gi).
- Poligrafía del fonema /i/: dicho fonema puede representarse de 2 formas distintas (i, y).
- Polifonía de la letra g: dicha letra representa a 2 fonemas distintos (/x/, /g/).
- Polifonía de la letra c: dicha letra representa a 2 fonemas distintos (/k/; /θ/ o /s/).
- Polifonía de la letra y: dicha letra representa a 3 fonemas distintos (/i/, /j/, /y/).
Otras divergencias que afectan la relación entre letras y sonidos son la existencia de una letra que no tiene correspondencia con ningún fonema (h); el caso de los dígrafos ch y ll; y la escritura y pronunciación de r vs. rr, en contextos intervocálicos o al comienzo de palabra.
Las polifonías tienen su origen en consideraciones etimológicas que pertenecen a la historia de la lengua ―dando así lugar a sistemáticas dificultades para determinar el uso correcto de b/v, h/g en posición inicial, c/s/z, g/j y ll/y―, haciendo que numerosas articulaciones, alófonas o no, no se distingan en la grafía.
La h muda (que en la actualidad no representa ningún sonido) también debe entenderse como una anomalía de origen etimológico que dificulta la escritura del español según las normas ortográficas vigentes. El cambio fonético de f a h fue un fenómeno que consistió en que en ciertas condiciones fonológicas, la f- inicial latina se convirtiera en una h- aspirada que luego desapareció en las variedades estándar del español.